Operacje na plikach

Ładowanie cząsteczek

Aby wyświetlić cząsteczkę, wystarczy przeciągnąć plik PDB na ikonę Swiss-PdbViewer (lub okno główne programu dla PC), wybrać pozycje "Open" z menu "File", lub wczytać jedno z ostatnio otwieranych białek, które pojawiają się na dole menu "File". Domyślnie cząsteczki są wyświetlane w formie szkieletu. Ustawienia domyślne można zmienić w ogólnych preferencjach.

Drugie okno w panelu sterowania zawiera listę z każdą załadowaną grupą. Trzecie okno zawiera pierwotne sekwencje kodów aminokwasów jest również dostępne.

Zauważ, że niektóre aminokwasy mogą pojawiać się w żółtym kolorze, czyli że dana cząsteczka została załadowana. Oznacza to, że ich łańcuchy boczne zostały zaznaczone podczas procesu ładowania, ponieważ brakowało w tej cząsteczce niektórych atomów. Jeśli przy wszystkich łańcuchach bocznych brakuje atomów, to właściwa struktura jest poszukiwana z biblioteki rotamerów, wybrany zostaje ten rotamer który najlepiej pasuje do struktury molekuły. Jeśli tylko brakuje niektórych atomów łańcucha bocznego, to wybrany zostaje rotamer który daje najniższy RMS. W każdym razie, możesz próbować znaleźć lepszy, ręcznie za pomocą narzędzia mutacji.

Uwaga: Jeśli brakuje kilku łańcuchów bocznych, to proces odbudowy może być powolny. Możliwe jest wyłączenie "najbardziej prawdopodobnego rotameru" w menu "General Prefereces". W tym przypadku pierwszy rotamer (co jest najbardziej prawdopodobne, aby go dopasować) zostanie dopasowany.

Uwaga: Ze względu na proces odbudowy, jest obecnie niemożliwe, aby załadować plik PDB, który zawiera tylko węgiel alfa.

Dodawanie cząsteczek

Aby dodać nowe cząsteczki do widoku, wystarczy przeciągnąć jedną (lub kilka) plików PDB na ikonę Swiss-PdbViewer (główne okno programu dla użytkowników komputerów PC) lub otwórz je z menu "File"..
Zwróć uwagę, że choć wszystkie cząsteczki są wyświetlane, jest tylko jeden panel sterowania. Aby otworzyć listę załadowanych cząsteczek, musisz przełączyć listę, naciskając klawisz "Tab" lub za pomocą okienka pop-up które znajduje się na górze w panelu sterowania, lub klikając w oknie dopasowywania na nazwę cząsteczki (lub aminokwasu) do której chcesz uzyskać dostęp. .

Obecne limity
Nie można otworzyć więcej niż dwanaście plików PDB jednocześnie, bez względu na to jaką liczbę grup mogą one zawierać.

Ważna uwaga
Przeciwnie do innych programów, Swiss-PdbViewer zmieniać możemy współrzędne podczas rotacji i translacji. W konsekwencji, podczas ładowania drugiego białka, nie musi ono zawierać odpowiednich wiązań, jakie zazwyczaj zostały przeniesione. W zależności od tego, co chcesz zrobić, możesz skorzystać z pozycji "Reset" w menu "Edit" przed załadowaniem nowej cząsteczki.

Eksport cząsteczek

Możesz zapisać cząsteczki w kierunku w jakim pojawiają się na ekranie, wybierając pozycje "Save PDB" z menu "File". Wszystkie atomy obecnej cząsteczki (której grupy wymienione są w panelu sterowania, której nazwa pojawia się na pasku tytułu okna "Display") są zapisywane, nawet jeśli w rzeczywistości nie są widoczne.

Pamiętaj, że możesz zapisać tylko podsekcję swojego białka podczas zaznaczenia reszt używając odpowiedniej opcji w menu "File".

Można również zapisać wszystkie warstwy jednocześnie jako projekt, co jest przydatne przy ustawianiu kilku białek, lub podczas modelowania projektu.

Możesz także wyeksportować bieżący widok jako plik PICT (lub pliku TGA z OpenGL). W tym przypadku, dostaniesz tylko to, co jest wyświetlane na ekranie. Jeśli chcesz uzyskać większy niż na ekranie obraz, po prostu trzeba powiększyć rozmiar okna przed eksportem obrazka.

Jeśli chcesz uzyskać lepszą jakość obrazu niż domyślny widok można wyeksportować plik do widoku POV, gdzie tylko widoczne atomy będą eksportowane. W zasadzie widok będzie dokładnie odpowiadać bieżącemu widokowi, ale może trzeba zmienić scenę POV przy użyciu zmiany X / Y, aby uniknąć kompresji obrazu wzdłuż jednej osi.
Parametry używane przy renderingu np. "światła 3D" zostaną użyte.
Należy zauważyć, że siły Van der Waalsa dotyczące powierzchni będą wyświetlane jako "przestrzeń wypełniona atomami".

Połączenie cząsteczek

Możesz połączyć części pochodzące z różnych białek do budowy nowej molekuły. Dokonać tego można poprzez wybranie w każdej warstwie grupy, która musi się pojawić w nowej warstwie, a następnie użyć pozycji "Create Merged Layer" w menu "Edit". Połączone cząsteczki pojawią się w nowej warstwie, która może być zmieniona za pomocą pozycji "Rename Current Layer" w menu "Edit"..

Odrzucanie cząsteczki

Można usunąć wszystkie cząsteczki, wybierając pozycje "Close" z menu "File". Można również usunąć bieżące cząsteczki (te, której grupy wymienione są w panelu sterowania, których nazwa pojawia się na pasku okna wyświetlania), naciskając klawisz "DEL" (nie jest już to klawisz backspace, który jest wykorzystywany do zmiany wielu sekwencji trasowania). Jeśli jest załadowana tylko jedna cząsteczka, to będzie równoznaczne z zamknięciem polecenia (zamknieciem programu).

[last modified: 16 Jan. 2001 by T.S.]